Mit der Verwirklichung des Europäischen Binnenmarktes sind zum 1. Januar 1993 die Zollförmlichkeiten an den Binnengrenzen der Gemeinschaft abgeschafft worden. Da für den Handel innerhalb der EU seitdem grundsätzlich andere Regelungen gelten als für den Handel mit Partnern außerhalb der Gemeinschaft, wird nun auch strenger zwischen Binnen- und Außenhandel differenziert. Für die Wirtschaft hat sich die Abwicklung innergemeinschaftlicher Handelsgeschäfte insgesamt deutlich vereinfacht. Allerdings müssen auch bei Binnenhandelsgeschäften einige Besonderheiten beachtet werden - dies gilt insbesondere mit Blick auf die zur Anerkennung einer umsatzsteuerfrei ausgeführten Lieferung erforderlichen Nachweise und diverse Meldepflichten.

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Seit der Verwirklichung des EU-Binnenmarktes zum 1. Januar 1993 konnte keine Verständigung zu einem auf  EU-Ebene eingerichteten Vorsteuerverrechnungssystems erreicht werden. Daher ist es bisher auch nicht gelungen, für die Umsatzbesteuerung eine den nationalen Mehrwertbesteuerungssystemen entsprechende EU-Regelung zu implemenitieren.

Bei der Umsatzbesteuerung innergemeinschaftlicher Warenverkäufe wird daher auch über 20 Jahre nach dem Inkrafttreten des EU-Binnenmarktes weiter zwischen Lieferungen an zum Vorsteuerabzug berechtigte Subjekte (in aller Regel Unternehmen) und solchen unterschieden, die dazu nicht berechtigt sind (z. B. private Abnehmer). Um diese Unterscheidung vornehmen zu können, verfügen zum Vorsteuerabzug berechtigte Subjekt über eine durch ihre national zuständige Behörde - in Deutschland ist dies das Bundeszentralamt für Steuern -  vergebene Umsatzsteuer-Identifikationsnummer. Warenlieferungen an vorsteuerabzugsberechtigte Unternehmen in anderen EU-Staaten werden von umsatzsterepflichtigen Subjekten ohne Ausweis der im Versendungsland geltenden Umsatzsteuer vorgenommen. Seit 1. Januar 2010 gilt dies auch für sogenannte "sonstige Leistungen". Die Umsatzbesteuerung erfolgt dann im Empfangsland auf der Grundlage des dort für die jeweilige Ware (oder die "sonstige Leistung") geltenden Steuersatzes. Deutsche Unternehmen sollten in ihren Rechnungen neben der genauen eigenen Firmierung, der eigenen Adresse und Umsatzsteuer-Identifikationsnummer auch die entsprechenden Daten des Käufers nennen und am Ende der Rechnung zusätzlich den Hinweis auf eine "umsatzsteuerfreie innergemeinschaftliche Lieferung gemäß § 4 Satz 1b UStG" anbringen. Für jede umsatzsteuerfrei in Rechnung gestellte innergemeinschaftliche Lieferung ist ein von den Finanzämtern akzeptierter Nachweis über die Durchführung der Lieferung (Gelangensbestätigung oder alternative Verbringungsnachweise) zu erbringen - mehr dazu im nächsten Abschnitt. Die Beträge der umsatzsteuerfrei fakturierten innergemeinschaftlichen sind zudem in Form einer zusammenfassenden Meldung an die jeweilige nationale Zentralbehörde - in Deutschland ist dies das Bundeszentralamt für Steuern - zu melden (mehr dazu im übernächsten Abschnitt).

Im Gegensatz dazu werden Lieferungen an Abnehmer, die keine Umsatztsteuer-Indentifikationsnummer besitzen, im Grundsatz unter Ausweis der im Versendungsland geltenden Umsatzsteuer in Rechnung gestellt. Die bei solchen Geschäften einbehaltene Umsatzsteuer wird wie bei Inlandsverkäufen im Rahmen der Umsatzsteuervoranmeldung angegeben.

Für einige Fälle gelten jedoch abweichende Regelungen:

• neue Fahrzeuge werden in jedem Fall - also auch bei einem Erwerb durch Privatpersonen - in dem EU-Mitgliedstaat der Umsatzbesteuerung unterzogen, in dem sie zugelassen oder registriert werden;
• sofern Unternehmen durch Versandhandelsgeschäfte an private Abnehmer die auf nationaler Ebene hierfür vorgesehenen Umsatzschwellenwerte überschreiten, müssen solche Lieferungen unter Ausweis der im Empfangsland geltenen Umsatzsteuersätze in Rechnung gestellt werden. Das versendende Unternehmen muss sich dazu in den jeweiligen Empfangsländern als umsatzsteuerpflichtig registrieren lassen und die einbehaltenen Umsatzsteuerer dann auch an die dortigen Finanzbehörden abführen. Aus innergemeinschaftlichen Versandhandelsgeschäften werden zum 1. Juli 2021 innergemeinschaftliche Fernverkäufe, wodurch Registrierungen in anderen EU-Staaten nicht megr notwendig sind.
• der innergemeinschaftliche Handel mit verbrauchsteurpflichtigen Waren unterliegt besonderen Kontrollen. Grundsätzlich gilt aber, dass eine Erstattung der Verbrauchsteuer bzw. Entlastung von der Verbrauchsteuerschuld erst erfolgt, wenn die Verbrauchsteuer im Empfangsland entrichtet bzs. die Verbrauchsteuerschuld dort anerkannt wurde.
• Für die Erbringung elektronischer Dienstleistungen gilt grundsätzlich das Prinzip der Versteuerung im Empfangsland.

Zur Kontrolle der korrekten Umsatzbesteuerung ist EU-weit das Instrument der Zusammenfassenden Meldung für alle umsatzsteuerfrei in Rechnung gestellten innergemeinschaftlichen Liefergeschäfte und sonstige Leistungen eingeführt worden. Zum Vorsteuerabzug berechtigte deutsche Unternehmen geben diese Meldung seit 2010 monatlich gegenüber der Außenstelle Saarlouis des Bundeszentralamts für Steuern ab. Die Zusammenfassende Meldung erfolgt zusätzlich zur Umsatzsteuer-Voranmeldung und enthält folgende Angaben:

• alle relevanten Angaben zum meldenden Unternehmen, das im Berichtszeitraum innergemein-schaftliche Lieferungen (auch Lohnveredelungen) ausgeführt oder sonstige Leistungen erbracht hat;
• die Umsatzsteuer-Identifikationsnummern aller Unternehmen, denen im Berichtszeitraum für Warenlieferungen (auch Lohnveredelungen) oder sonstige Leistungen Rechnungen gestellt wurden;
• die Summen der jedem einzelnen Auftraggeber im Berichtszeitraum zuzuordnenden Rechnungsbeträge.

Zusammenfassende Meldungen sind grundsätzlich auf elektronischem Weg abzugeben. Nach § 18 (1) UStG kann zur Vermeidung unbilliger Härten auf die Abgabe elektronischer Meldungen verzichtet werden. Zudem sind Kleinunternehmen nach § 19 UStG von der Verpflichtung zur Abgabe zusammenfassender Meldungen ausgenommen. Erfahrene Ansprechpartner für Fragen des Umsatzsteuerrechtes gibt es auch bei jeder IHK.

Durch den Wegfalls der Zollförmlichkeiten an den EU-Binnengrenzen müssen die für statistische Zwecke notwendigen Daten anders als im Außenhandel erhoben werden. Dies geschieht für die Intra-Handelsstatistik durch monatliche Meldungen für innergemeinschaftliche Versendungen einerseits und Wareneingänge andererseits. Zur Abgabe der INTRASTAT-Meldungen sind grundsätzlich nur zum Vorsteuerabzug berechtigte Unternehmen verpflichtet (Privatpersonen sind also nicht meldepflichtig).  Rückwirkend zum 1. Januar 2025 war die Meldeschwelle für Eingänge von vorher 800.000 Euro auf 3 Mio. Euro und der Wertgrenze für Versendungen von 500.000 Euro auf eine Mio. Euro angehoben worden. 

Unternehmen, deren Versendungen in alle anderen EU-Mitgliedstaaten im vorangegangenen Kalenderjahr die Summe von 1 Mio. Euro nicht überschritten haben, sind im darauffolgenden Jahr zunächst von der INTRASTAT-Meldepflicht für diese Verkehrsrichtung befreit. Für Eingänge gilt seit dem 1. Januar 2025 ein Schwellenwert von 3 Mio. Euro. Werden diese Schwellenwerte für Eingänge oder/und Versendungen jedoch im laufenden Kalenderjahr erreicht und überschritten, so setzt die INTRASTAT-Meldepflicht im nächstfolgenden Kalendermonat ein. Rückwirkende Meldungen für in dem betreffenden Jahr bereits getätigte Umsätze sind allerdings nicht erforderlich.

Die INTRASTAT-Meldungen sind grundsätzlich elektronisch abzugeben und müssen dem Statistische Bundesamt spätestens am 10. Werktag nach Ablauf des Berichtsmonats übermittelt werden. Ein Leitfaden zur INTRASTAT kann im Internet als Download bezogen werden.